A região ocupada pelo cromossomo bacteriano costuma ser denominada nucleóide. Externamente à membrana plasmática existe uma parede celular.
É comum existirem plasmídios - moléculas de DNA não ligada ao cromossomo bacteriano - espalhados pelo hialoplasma. Plasmídios costumam conter genes para resistência a antibióticos.
As bactérias podem ser de três tipos, sendo eles :
- Actinobacteria - é um filo de bactérias Gram-positivas conhecidas como actinomicetos ou actinobactérias. Estas bactérias têm organização filamentosa, muitas vezes ramificada. Dada sua semelhança com fungos e por produzirem, como estes, cadeias de esporos semelhantes a conídios, os Actinomicetos são com frequência erroneamente classificados como tais. Ao contrário dos fungos, porém, são organismos procarióticos em sua grande maioria aeróbios.
- Cianobactérias - Extremamente parecidas com as bactérias, as cianobactérias são também procariontes. São todas autótrofas fotossintetizantes, mas suas células não possuem cloroplastos. A clorofila, fica dispersa pelo hialoplasma e em lamelas fotossintetizantes, que são ramificações da membrana plasmática.Além da clorofila, possuem outros pigmentos acessórios, como os carotenóides (pigmentos semelhantes ao caroteno da cenoura), ficoeritrina (um pigmento de cor vermelha, típico das cianobactérias encontradas no Mar vermelho) e a ficocianina (um pigmento de cor azulada, que originou o nome das cianobactérias, anteriormente denominadas "algas azuis") . Elas vivem no mar, na água doce e em meio terrestre úmido.
- Archeas - é a designação de um dos domínios de seres vivos, relacionados com as bactérias. Trata-se de organismos procariotos, geralmente quimiotróficos, muitos dos quais sobrevivem em lugares extremos como fontes de água quente, lagos ou mares muito salinos, pântanos (onde produzem metano) e ambientes ricos em gás sulfídrico e com altas temperaturas.
- Eubactérias - Este grupo reúne a grande maioria das bactérias conhecidas. Podem viver isoladas ou em colônia e podem ser vistas apenas com o auxílio de um microscópio. São seres procariontes, pois não possuem núcleo organizado por uma membrana carioteca. Seu DNA é um único filamento em anel, chamado de nucleóide. Pode haver estruturas de locomoção como cílios e flagelos e estruturas de resistência como esporos.
A classificação morfológica das bactérias é: cocos, bacilos, vibrião e espirilo e podem se arranjar como cocos, diplococos, estafilococos, estreptococos, etc.
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